6000多年前的新石器时代，北部阳澄湖畔的草鞋山就有人居住，草鞋山遗址的发现证明了长江中下游的太湖流域也是中国古代文明的起源地之一[3][4]。
吴王阖闾十年（前505年），东夷入侵吴国，阖闾在此地建亭抵御，所以称作“夷亭”，因吴方言中读音相同，后变化为“唯亭”。在唯亭镇上塘街附近，有建于宋至和乙未年（1055年）纪念娄江治理工程的乙未亭，镇名也可能来源于此亭[5]。
唐会昌三年（843年），湖州参军周頵建造佛顶尊胜陀罗尼经幢，四年后立在夷陵山重元寺之前[6]。
宋至和二年（1055年），长洲县、昆山县共同修缮娄江，建乙未亭[7]。
维基文库中的相关原始文献：省政府关于同意调整苏州市部分行政区划的批复
2005年5月13日，江苏省政府发布《省政府关于同意调整苏州市部分行政区划的批复》。将唯亭镇与跨塘镇合并设立唯亭镇，镇政府驻蠡塘路。